Le terminal côté ville a été agrandi et modernisé pour pouvoir répondre au nombre croissant de passagers. Fin 2002, l’extension de la partie française fut ouverte au public, suivie en 2005 de la partie suisse.
Cet aéroport se trouve sur le ban de la commune de Blotzheim dans le Haut-Rhin. L'appellation officielle est aéroport bi-national de Mulhouse-Bâle. Les bâtiments, les pistes, la gestion du trafic et la sécurité sont gérés par la France. La gestion commerciale et économique est gérée par la France et la Suisse. L'aérogare est séparé en un secteur français et donc européen et un secteur suisse.
Une route douanière de 3 km de long relie la partie suisse de l'aérogare et ses parkings au territoire suisse.